install.packages("igraph")Analyse de réseau avec igraph
Introduction à l’analyse de réseau avec R
Le package igraph
igraph est un logiciel open source principalement écrit en langage C qui fournit des outils pour créer, manipuler, analyser et visualiser des graphes et des réseaux.
La première version a été publiée en 2002 par Gábor Csárdi et Tamás Nepusz, deux chercheurs en informatique hongrois. Depuis, igraph est devenu l’un des packages les plus populaires pour l’analyse de réseau, notamment car cette librairie peut être utilisée dans plusieurs langages de programmation comme Python, Julia et C++.
Gábor Csárdi a officiellement publié l’interface R pour igraph en 2006. Depuis son adaptation à R, igraph a régulièrement été mis à jour pour fournir de nouvelles fonctionnalités et améliorations de performances.
Dans le langage de programmation R, l’interface igraph est écrite en R, mais elle utilise des liens (bindings) vers les fonctions C fournies par le package igraph. Les liens permettent à l’utilisateur d’appeler des fonctions C depuis R, ce qui permet de bénéficier de la rapidité et de l’efficacité de l’implémentation en C d’igraph.
igraph permet l’analyse des réseaux unimodaux orientés, non orientés et/ou valués. Il permet la transformation de réseaux bimodaux ou multiplexes mais ne propose pas ou peu de méthodes pour les analyser. Composée de 801 fonctions, cette librairie offre une grande variété de mesures de réseau, telles que la centralité, la proximité, l’intermédiarité des sommets et des liens, la modularité, la densité, la distance, etc.
Le nombre très élevé de fonctions ne doit pas impressionner : il existe souvent plusieurs fonctions permettant de réaliser la même opération. Ceci alourdit la documentation mais assure une bonne rétro-compatibilité des scripts qui utilisent igraph. Un script écrit il y a 5 ou 10 ans fonctionne encore aujourd’hui, ce qui est rare dans R.
igraph est également très flexible et peut être utilisé avec d’autres packages R, tels que ggplot2, shiny ou encore dplyr (tidyverse).
Installation
Documentation
Pour accéder à la documentation interne, utilisez les fonctions suivantes :
# Chargement de la librairie
library(igraph)
# Ouverture de l'onglet d'aide
?igraph
# Métadonnées & liste des fonctions
library(help="igraph")Vous pouvez également consulter la documentation officielle du package en ligne :
Citation
Source: inst/CITATION
Csardi G, Nepusz T (2006). “The igraph software package for complex network research.” InterJournal, Complex Systems, 1695. https://igraph.org.
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title = {The igraph software package for complex network research},
author = {Gabor Csardi and Tamas Nepusz},
journal = {InterJournal},
volume = {Complex Systems},
pages = {1695},
year = {2006},
url = {https://igraph.org},
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